性别: 男
工作电话: 020-84110775
职称: 教授
学历: 博士
个人主页: //www.labxing.com/hexionglei
电子邮件: [email protected]
导师类型: 博士生导师
学科方向:
071010-生物化学与分子生物学
0710Z1-生物信息学
研究方向
本实验室结合实验生物学和计算生物学研究手段，主要对以下三个问题进行探讨：
1. 基因复杂系统的运行与演化规律：主要以酵母细胞为模式系统，研究基因突变如何影响基因表达网络，进而导致细胞表型的改变。
2. 发育过程的细胞谱系：一个受精卵如何发育成各种脏器组成的多细胞个体是一个令人着迷的问题。我们利用果蝇，斑马鱼和小鼠为研究对象，尝试通过追踪发育过程中的体细胞突变来构建完整的一个多细胞个体的细胞谱系树，从而更清楚认识不同组织，器官或细胞类群的发育学关系。
3. 肿瘤演化：肿瘤发生，发展和转移本质上是由突变驱动的细胞演化事件，因此从随机演化而非定向发育的角度能更好认识这一过程。基于这一理念，我们分析公共数据库中的海量肿瘤组学数据，并结合具体临床样本和小鼠模型研究，尝试寻找更有效的肿瘤预防和治疗的思路和方法。
个人经历
1994.9 - 1998.7 中山大学，本科，主修微生物，副修计算机
1998.9 - 2001.7 中山大学，硕士，主修生物化学与分子生物学
2004.1 - 2007.4 密歇根大学 (University of Michigan - Ann Arbor)，博士，主修进化基因组学
2007.7 - 至今 中山大学生命科学院教授
2012.1 - 2016.12 教育部长江学者特聘教授
学术成就
贺雄雷，男，1977年出生，湖南攸县人，赌博app-网络赌博软件 教授，2012年获国家杰出青年基金资助； 研究领域为进化遗传学与基因组学，对重复基因的功能分化和性染色体剂量补偿两个问题有贡献；目前主要研究兴趣包括基因网络调控，多细胞生物细胞发育谱系，肿瘤演化等相关问题；相关工作在包括Science，PNAS，Nature Genetics，Nature Communications，Genome Research和MBE 等主流学术期刊发表，并受邀为Science撰写观点文章(Perspectives)。
承担课题
1. 科技部国家重点研发计划项目（2021YFA1302500）：小鼠细胞命运决定过程中基因表达网络的系统演化规律研究，2022/4-2027/3，主持。
2. 国家基金重大研究计划集成项目（91731302）：肿瘤发生、发展和治疗过程中细胞进化模式及机制研究，2018/1-2019/12，主持。
2. 国家基金重点项目（31630042）：酵母基因型-表型网络的演化研究，2017/1-2021/12，主持。
3. 科技部973课题（2014CB542005）：肿瘤异质性演化过程的动物模型研究，2014/1-2018/12，主持。
论文专著
1. Shanjun Deng, Ke Xing, Xionglei He*. Mutation signatures inform the natural host of SARSCoV-2. National Science Review. 2022 February; 9(2).
2. Kehui Liu, Shanjun Deng, Chang Ye, Zeqi Yao, Jianguo Wang, Han Gong, Li Liu*, and Xionglei He*. Mapping single-cell-resolution cell phylogeny reveals cell population dynamics during organ development. Nature Methods. 2021 December 2; 18, 1506–1514.
3. Li Liu, Mengdi Liu, Di Zhang, Shanjun Deng, Piaopiao Chen, Jing Yang，Yunhan Xie and Xionglei He∗. Decoupling gene functions from knockout effects by evolutionary analyses. National Science Review. 2020 July; 7(7): 1169–1180.
4. Li Liu, Yayu Wang, Di Zhang, Zhuoxin Chen, Xiaoshu Chen, Zhijian Su*, and Xionglei He*. The Origin of Additive Genetic Variance Driven by Positive Selection. Mol Biol Evol. 2020 August 29; 37(8):2300-2308.
5. Han Chen, Chung-I Wu and Xionglei He*. The Genotype–Phenotype Relationships in the Light of Natural Selection. Mol Biol Evol. 2018 March 1; 35(3): 525-542.
6. Piaopiao Chen, Dandan Wang, Han Chen, Zhenzhen Zhou, and Xionglei He*. The nonessentiality of essential genes in yeast provides therapeutic insights into a human disease. Genome Res. 2016 Oct; 26(10):1355-1362.
7. Xionglei He*. The Biology Complicated by Genetic Analysis. Mol Biol Evol. 2016 June 13; 33(9): 2177–2181.
8. Xionglei He*, Li Liu*. Toward a prospective molecular evolution. Science. 2016 May 13;352(6287):769-70.
9. Han Chen, Xionglei He*. The Convergent Cancer Evolution toward a Single Cellular Destination. Mol Biol Evol. 2016 Jan;33(1):4-12.
10. Han Chen, Fangqin Lin, Ke Xing, and Xionglei He*. The reverse evolution from multicellularity to unicellularity during carcinogenesis. Nat Commun. 2015 Mar 9; 6:6367.
11. Han Chen, Ke Xing*, Xionglei He. The dJ/dS ratio test reveals hundreds of novel putative cancer drivers. Mol Biol Evol. 2015 Aug; 32(8):2181-5.
12. Ke Xing* and Xionglei He. Reassessing the “duon” hypothesis of protein evolution. Mol Biol Evol. 2015 Apr; 32(4):1056-6.
13. Fangqin Lin, Ke Xing, Jiangzhi Zhang, and Xionglei He*. Expression reduction in mammalian X chromosome evolution refutes Ohno's hypothesis of dosage compensation. PNAS. 2012 Jul 17; 109(29):11752-7.
14. Xiaoshu Chen, Zhidong Chen, Han Chen, Zhijian Su, Jianfeng Yang, Fangqin Lin, Suhua Shi, and Xionglei He*. Nucleosomes suppress spontaneous mutations base-specifically in eukaryotes. Science. 2012 March 9; 335:1235-1238.
15. Yuanyan Xiong, Xiaoshu Chen, Zhidong Chen, Xunzhang Wang, Suhua Shi, Xueqin Wang, Jianzhi Zhang*, and Xionglei He*. RNA sequencing shows no dosage compensation of the active X-chromosome. Nature Genetics. 2010 Dec; 42(12):1043-1047
