性别:男
电子邮件: [email protected]
导师类型: 博士生导师
个人主页: //caililab.org
职称: 教授
学科方向: 071007-遗传学
0710Z1-生物信息学
研究方向
实验室研究方向为整合多组学数据研究基因组的调控与演化。研究对象以脊椎类动物为主，并涉及部分非脊椎类模式生物。
近几年将主要围绕以下三个问题开展研究：
（一）DNA 突变在基因组中如何分布及突变产生的分子机制；
（二）基因组调控元件如何起源及演化；
（三）基因组调控及演化的分子机制如何影响生物多样性或人类疾病。
更多研究相关信息见课题组网站 //caililab.org。
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课题组经费充足，招收生物信息学相关的博士后、博士生和硕士生，也欢迎本科生到课题组实习或做毕业设计。
生物信息方向招生要求（硕/博士研究生）
a）专业背景不限，对生物信息学、基因组学、进化生物学、合成生物学、人工智能等有浓厚兴趣；
b）具有较强的独立思考能力、自我管理能力和团队协作能力；
c）数理基础较好或有较多编程经验者优先考虑。
本课题组非常注重每位成员的个人发展，根据成员的背景和兴趣制定不同的培养计划。期待独一无二的你加入团队！
个人经历
2019年入职中山大学并建立独立课题组。2009年获华中科技大学学士学位，2015年获丹麦哥本哈根大学博士学位，之后在英国弗朗西斯•克里克研究所（Francis Crick Institute）进行博士后工作。并曾在华大基因研究院工作，担任项目组长。一直从事基因组学和计算生物学相关研究，研究重点为通过整合大规模组学数据揭示基因组的功能和演化规律。代表性工作发表于Science、Nature Machine Intelligence、Nature Communications等知名期刊。承担课题包括国家自然科学基金面上项目、国家级人才计划青年项目等。
讲授课程
本科生及研究生课程《人工智能与生物学应用导论》
论文专著
代表性论文（粗体，实验室成员；#通讯作者； *共同一作）
Fang Y*, Deng S*, Li C#. A generalizable deep learning framework for inferring fine-scale germline mutation rate maps. Nature Machine Intelligence 2022;4(12):1209-23. Link
Chia M*, Li C*, Marques S, Pelechano V, Luscombe NM, van Werven FJ. High-resolution analysis of cell-state transitions in yeast suggests widespread transcriptional tuning by alternative starts. Genome Biology 2021;22(1):34. Link
Li C#, Luscombe NM. Nucleosome positioning stability is a modulator of germline mutation rate variation across the human genome. Nature Communications. 2020;11(1):1363. Link
Li C#, Lenhard B, Luscombe NM. Integrated analysis sheds light on evolutionary trajectories of young transcription start sites in the human genome. Genome Research. 2018;28(5):676-88.Link
Seki R*, Li C*, Fang Q, Hayashi S, Egawa S, Hu J, et al. Functional roles of Aves class-specific cis-regulatory elements on macroevolution of bird-specific features. Nature Communications. 2017;8:14229. Link
Zhang G*, Li C*, Li Q, Li B, Larkin DM, Lee C, et al. Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation. Science. 2014;346(6215):1311-20. Link
Terrapon N*, Li C*, Robertson HM, Ji L, Meng X, Booth W, et al. Molecular traces of alternative social organization in a termite genome. Nature Communications. 2014;5:3636. Link
Li C*, Zhang Y*, Li J*, Kong L*, Hu H, Pan H, et al. Two Antarctic penguin genomes reveal insights into their evolutionary history and molecular changes related to the Antarctic environment. GigaScience. 2014;3(1):27. Link
Kocher SD*, Li C*, Yang W, Tan H, Yi SV, Yang X, et al. The draft genome of a socially polymorphic halictid bee, Lasioglossum albipes. Genome Biology. 2013;14(12):R142. Link
Yan G*, Zhang G*, Fang X*, Zhang Y*, Li C*, Ling F*, et al. Genome sequencing and comparison of two nonhuman primate animal models, the cynomolgus and Chinese rhesus macaques. Nature Biotechnology. 2011;29(11):1019. Link
Nygaard S*, Zhang G*, Schiøtt M*, Li C*, Wurm Y, Hu H, et al. The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming. Genome Research. 2011;21(8):1339-48. Link
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