性别: 男
个人主页: //epigenome.duboapp.net
职称: 教授
电子邮件: [email protected]
导师类型: 博士生导师
学历: 博士
学科方向:
071010-生物化学与分子生物学
0710Z1-生物信息学
研究方向
1. 生命组学方向：
a) 多维表观组学、生物信息工具开发（Nat Methods 2021; Sci Adv 2019）
b) 基因组及表观组编辑技术（Protein Cell 2022; Cell Rep 2021; Adv Sci 2021）
c) 临近标记及蛋白质组技术
d) 三代测序技术（Nat Commun 2023）
2. 表观遗传与基因表达调控方向：
a) 新型核酸修饰的发现和鉴定（Cell 2015; Nat Comm 2016）
b) 新型核酸修饰在多物种中的起源与进化（Genome Bio 2018; Cell Rep 2020）
c) 生理和病理响应下RNA修饰的调控机制与功能
3. 系统生物学和合成生物学方向：
a) 微生物组资源挖掘和利用（Cell Res 2019）
b) 基因表达调控元件的设计、改造和应用
实验室致力于多学科交叉和方法学驱动的理论创新和科学发现，以表观遗传和基因表达调控作为切入点，最终目的是解码基因组，从分子层面理解生命现象。另一方面，我们也将把解码的成果尝试应用到人工合成上，探索研究成果的实际应用潜力，并尝试理解生命从无到有，从简单到复杂背后的规律。
2023招聘信息
研究生招生：本年度计划招收硕士生2-3名，请感兴趣的同学提前联系，提前实习。实验室研究兴趣广泛，鼓励创新，欢迎对探索生命本质有着强烈兴趣的同学加入。对新入学研究生无背景要求，欢迎跨专业报考。
博士后招聘：博士后根据具体课题设岗，候选人需符合课题组研究兴趣和主要研究方向，在分子生物学、生物化学、生物信息学、细胞生物学等相关专业已获得或即将获得博士学位，对不同方向感兴趣的候选人需具备不同的背景和兴趣点：
1. 申请方向一“生命组学”的候选人需具备对新技术的敏感性，执行力和实操能力强。课题组已在该方向建立起优势，期望候选人能在此基础上更进一步。
2. 申请方向二“表观遗传与基因表达调控”的候选人需对理解生命运作规律、发现新的生命现象具有强烈的兴趣，具备良好的分子、生化、细胞技能，善于利用新技术，具有组织协调能力。该方向也是课题组目前正在大力推进的方向。
3. 申请方向三“系统生物学和合成生物学”的候选人需具备相关知识背景和技能，熟悉至少一种模式体系（如酵母、微藻、细胞等），善于组织协调，善于利用已有的平台和资源，有志于开拓进取。
4. 课题组提供联合招聘岗位，已和深圳湾实验室（化学生物学、药物开发）、广州实验室（单细胞测序技术、疾病大数据）、中山大学眼科中心（神经及眼科学、单细胞技术）开展合作研究，申请该类岗位的候选者对研究背景有一定的要求，待遇也与中山大学本部有所区分（一般在原有基础上上浮15-20万/年，详情可进一步咨询）。
合作交流：实验室已建立完善的表观基因组和表观转录组技术平台，拥有自主知识产权。欢迎洽谈各种形式的合作交流。
欢迎扫描以下二维码，关注公众号，了解实验室最新动态。（如不能正常显示图片可搜索公众号关注：luolab2017 ）
个人经历
2023-至今，深圳湾实验室，合作PI
2021-至今，药用功能基因研究 广东省重点实验室，PI
2020-至今，有害生物控制与资源利用 国家重点实验室，PI
2017-至今，基因功能与调控 教育部重点实验室，PI
2017-至今，赌博app-网络赌博软件 ，教授
2013-2017，芝加哥大学，生物分子动态研究所，博士后（合作导师：何川）
2010-2013，中科院遗传发育所，分子系统生物学中心，助理研究员
2005-2010，中科院遗传发育所，生物信息学，理学博士 （导师：王秀杰）
2001-2005，东南大学，生物医学工程，工程学士
学术兼职：
The Innovation，青年编委（2021-）
Quantitative Biology，特邀编委（2021-）
讲授课程
分子生物学（主讲，本科二年级下，2019-）
表观遗传学（参与，本科三年级上，2022-）
大学生物（参与，本科一年级下，2022-）
生化分子研讨课（参与，本科二年级上，2021-）
现代生命科学进展（参与，本科四年级上，2019-）
学术成就
生命科学经过前期的发展，理论框架已基本完善。研究方法的不断创新和数据的积累让研究者摆脱了“集邮式”的研究范式，如今生命科学已经具备了理解世界乃至改变世界的能力。而与化学、物理、信息学等成熟定量学科的深度交叉融合为生命科学在21世纪的大爆发做好了准备。我们正在见证，生命科学在健康、农业、生态、能源等方方面面改变了我们的生活，成为决定国计民生的支柱性学科。
随着人类基因组计划的完成和测序技术的发展，我们获得生物数据的能力得到革命性的提升，而如何解析和利用这些数据，成为了当今生命科学领域的焦点。基因之间的互作及调控规律是最基础的问题之一，研究基因调控对我们理解生长发育、遗传变异、生理生态、人类疾病，都有着极为重要的意义。影响基因表达调控的因素很多，表观遗传修饰因为作用范围广、相关技术成熟，是理解基因表达调控规律很好的切入点。课题组近年来围绕着新型DNA和RNA修饰开展了持续性的研究，开发了针对DNA N6甲基腺嘌呤（6mA）修饰的高通量测序方法，并首次揭示了真核生物中6mA的全基因组分布图谱，发现6mA和染色质的互作规律及对基因转录的调控功能。通过发展新的方法学，发现以m6A为代表的RNA修饰是调节基因表达的重要途径之一，并系统研究了RNA修饰的生物学意义。课题组成员为主要贡献作者的论文发表在Nature Methods、Cell、Science Advances、Cell Research、Genome Biology、Nature Communications等杂志上。
承担课题
主持
国自然面上项目（2023-2026）
中山大学颠覆性技术培育项目（2022-2023）
国自然优秀青年科学基金项目（2020-2022）
国自然面上项目（2019-2022）
国自然重大研究计划培育项目（2018-2020）
国自然应急管理项目 （2018-2018）
广东省“青年珠江学者”（2018-2021）
广东省自然科学杰出青年基金（2018-2022）
中山大学青年教师重点培育项目（2018-2019）
中山大学“百人计划”启动项目（2017-2020）
参与
国自然重点项目（2023-2026）
国家重点研发计划“发育编程及其代谢调节”重点专项（2020-2024）
广东省“颅颌间充质干细胞转化”研究团队项目（2020-2025）
中山大学重大项目培育和新兴学科交叉学科资助计划项目（2019-2020）
国家重点研发计划“干细胞及转化研究”重点专项（2018-2022）
论文专著
（本实验室人员姓名加粗，第一作者标#，通讯作者标*）
Zhong ZD#, Xie YY#, Chen HX, Lan YL, Liu XH, Ji JY, Wu F, Jin L, Chen J, Mak DW, Zhang Z*, Luo GZ*. Systematic comparison of tools used for m6A mapping from nanopore direct RNA sequencing. Nature Communications. 14, 1906 (2023)
Chen LQ#, Zhang Z#, Chen HX, Xi JF, Liu XH, Ma DZ, Zhong YH, Ng WH, Chen T, Mak DW, Chen Q, Chen YQ, Luo GZ*. High-precision mapping reveals rare N6-deoxyadenosine methylation in the mammalian genome. Cell Discovery. 8(1):138 (2022)
Li Y#, Zhi S#, Wu T#, Chen HX, Kang R, Ma DZ, Songyang Z, He C*, Liang P*, Luo GZ*. Systematic identification of CRISPR off-target effects by CROss-seq. Protein & Cell. pwac018 (2022)
Zhang Z#, Chen T#, Chen HX, Xie YY, Chen LQ, Zhao YL, Liu BD, Jin L, Zhang W, Liu C, Ma DZ, Chai GS, Zhang Y, Zhao WS, Ng WH, Chen J, Jia G, Yang J, Luo GZ*. Systematic calibration of the epitranscriptomic maps using a synthetic modification-free RNA library. Nature Methods. 10.1038/s41592-021-01280-7 (2021)
Liu J, Gao M, He J, Wu K, Lin S, Jin L, Chen Y, Liu H, Shi J, Wang X, Chang L, Lin Y, Zhao YL, Zhang X, Zhang M, Luo GZ, Wu G, Pei D, Wang J, Bao X, Chen J. The RNA m6A reader YTHDC1 silences retrotransposons and guards ES cell identity. Nature. 591(7849):322-326 (2021)
Chen T#, Li Y#, Ma DZ, Zhang Z, Xi JF, Luo GZ*. Establishment of Transposase-assisted Low-input m6A Sequencing Technique. Journal of Genetics and Genomics. S1673-8527(21)00279-4 (2021)
Chen W#, Ren ZH#, Tang N, Chai G, Zhang H, Zhang Y, Ma J, Wu Z, Shen X, Huang X, Luo GZ*, Ji Q*. Targeted genetic screening in bacteria with a Cas12k-guided transposase. Cell Reports. 36(9):109635 (2021)
Chen HX, Zhang Z, Ma DZ, Chen LQ, Luo GZ. Mapping single-nucleotide m6A by m6A-REF-seq. Methods. S1046-2023(21)00175-4 (2021)
Chen X#, Zhao Q#, Zhao YL#, Chai GS, Cheng W, Zhao Z, Wang J*, Luo GZ*, Cao N*. Targeted RNA N6‐Methyladenosine Demethylation Controls Cell Fate Transition in Human Pluripotent Stem Cells. Advanced Science. 8(11):e2003902 (2021)
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Fu Y#, Luo GZ#, Chen K, Deng X, Yu M, Han D, Hao Z, Liu J, Lu X, Doré LC, Weng X, Ji Q, Mets L, He C. N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas. Cell. 161(4):879-92 (2015)
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Luo GZ#, Hafner M#, Shi Z, Brown M, Feng GH, Tuschl T, Wang XJ*, Li X*. Genome-wide annotation and analysis of zebra finch microRNA repertoire reveal sex-biased expression. BMC Genomics. 13:727 (2012)
Liu L#, Luo GZ#, Yang W#, Zhao X#, Zheng Q, Lv Z, Li W, Wu HJ, Wang L, Wang XJ, Zhou Q. Activation of the imprinted Dlk1-Dio3 region correlates with pluripotency levels of mouse stem cells. Journal of Biological Chemistry. 285(25):19483-90 (2010)
