性别:男
电子邮件: [email protected]
导师类型: 博士生导师
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职称: 教授
学历: 博士
学科方向
0710Z1-生物信息学
0860-生物与医药

 

研究方向

生物大分子修饰(蛋白质翻译后修饰,RNA修饰)、肿瘤多组学相关生物信息学研究,生物医学通用工具软件开发。

 

个人经历

1998至2002年就读于上海交通大学动力与能源工程学院,获核工程与核技术专业学士学位。2002至2007年在中国科学技术大学近代物理系金革教授实验室攻读博士期间参与国家大科学工程项目"大天区面积多目标光纤光谱望远镜"(LAMOST),并承担其中的巡天战略系统的研发工作,在计算机算法和大型工程软件设计开发方面具有丰富的经验。2007年7月获得物理电子学工学博士学位之后进入中国科学技术大学赌博app 温龙平研究组进行博士后研究工作,将计算机和天文学算法以及工程学思想成功运用到生物信息学领域,在蛋白质组生物信息学方面取得了丰富成果。主要包括设计出高效的GPS(Group-based Prediction System)预测算法,并基于该算法开发出十多种蛋白质翻译后修饰位点预测工具,此外还构建多个蛋白质相关数据库及辅助工具。2010 年3月获赌博app-网络赌博软件 “百人计划”引进,2011年12月晋升教授。

1998.09 – 2002.07      学士                    上海交通大学动力与能源工程学院核工程与自动化专业
2002.09 – 2007.06      博士                    中国科学技术大学近代物理系物理电子学专业
2007.07 – 2010.03      博士后                 中国科学技术大学赌博app
2010.03 – 2011.12      副教授                赌博app-网络赌博软件
2011.12 – 今               教授                     赌博app-网络赌博软件
2014.07– 今                教授(双聘)      中山大学肿瘤防治中心

 

讲授课程

《生物信息学》,《蛋白质组学》

 

学术成就

2007年进入生物领域后,在包括Nucleic Acids Research(14篇), Cell Research(2篇), Cancer ResearchBioinformatics等国际著名杂志上发表SCI 论文60余篇(19篇IF>10.0),其中通讯或一作35篇,累计影响因子810,ESI高被引论文4篇。所发布的GPS系列工具在蛋白质翻译后修饰领域受到广泛关注,推动了该领域发展,赌博app相关的文章被引用5000余次,H-index 35。主持国家自然科学基金5项,作为骨干参与科技部项目4项。发布生物信息学工具及数据库30多个,获颁软件著作权登记证书15项。

      在产业化方面,2016年创立锐竞科研采购平台(//www.rjmart.cn),并担任CEO。锐竞平台已有来自全国的15000多家供应商入驻,上线了6000多万种科研试剂耗材及各类服务,目前已经是全国最大的科研电商平台。以中山大学及其10家附属医院、南方医科大学、温州医科大学、哈尔滨医科大学、郑大一附院、陆军军医大学、江苏省人民医院等为代表的180多家高校与医院已经使用该平台采购了80亿元的科研用品。有效地降低了科研采购成本,同时把科研人员从“报销繁”中解脱出来。锐竞也推出了科研协作与成果转化平台(//cooperation.rjmart.cn),致力于促进科研人员与企业之间的合作,提高科技成果转化率。锐竞平台2019年获第八届中国创新创业大赛广东省第三名,全国总决赛优秀企业奖。2021年入选未来医疗100强--中国医疗服务榜Top100,德勤中国高科技高成长50强。2022年入选广州市硬科技百强榜、广东省专精特新企业。

 

承担课题

1.    国家自然科学基金重大研究计划培育项目,91753137,基于深度学习算法的生物大分子修饰分析平台的构建及应用,2018/01-2020/12,70万,结题,主持。
2.    国家自然科学基金面上项目,31771462,单碱基精度RNA甲基化修饰组学数据分析工具构建及应用,2018/01-2021/12,60万,结题,主持。
3.    广州市健康医疗协同创新重大专项,201604020003,鼻咽癌和结直肠癌生物医学大数据平台建设及精准医疗应用研究,2016/01-2018/12,154.2/600万,结题,参与。
4.    广州市健康医疗协同创新重大专项,201604046001,医学外显子组高通量检测产业化规模应用关键问题研究,2016/05-2019/04,80/800万,结题,参与。
5.    “广东特支计划” 科技创新青年拔尖人才,2014TQ01R387,2015/04-2018/03,30万,结题,主持。
6.    国家自然科学基金面上项目,31471252,基于双分子荧光互补技术的小类泛素修饰因子调控机制的系统研究,2015/01-2018/12,85万,结题,主持。
7.    国家国际科技合作专项,2014DFB30020,中国人类蛋白质组学数据的知识发现,2014/04 -2018/04,200/2857万,已结题,子课题负责人。

8.    广东省自然科学基金,2014A030313181,人类蛋白质SUMO化调控机制研究,2015/01-2018/01,10万,结题,主持。
9.    教育部重大科技基础培育计划,基于“天河二号”超级计算机的肿瘤多组学数据分析平台构建,2016/05-2017/05,40万,结题,主持。
10.    中央高校基础科研业务费,14lgjc14,中山大学重大培育计划项目,2014/07-2017/06,24万,已结题,主持。
11.    教育部新世纪优秀人才,NCET-13-0610,2014/01-2016/12,50万,已结题,主持。
12.    广东省自然科学杰出青年基金(省杰青,首批16人),S20120011335,蛋白质翻译后修饰相关算法及工具设计,2012/10-2016/10,100万,已结题,主持。
13.    科技部重大研究计划,2012CB911200,端粒相关蛋白对人类重大疾病作用机制的研究,2012/01 -2016/08,100/2600万,已结题,学术骨干。
14.    科技部863计划,2012AA01A301,“天河”新一代高性能计算机系统研制,2012/01-2015/12,80万/6亿,已结题,学术骨干。
15.    广州市珠江科技新星(市人才计划,首批),2011J2200042,蛋白质翻译后修饰计算分析平台构建,2011/11-2014/10,30万,已结题,主持。
16.    国家自然科学基金面上项目,31071154,蛋白质翻译后修饰受可变剪切影响的系统生物学研究,2011/01-2013/12,40万,已结题,主持。
17.    中央高校基础科研业务费,11lgzd11,中山大学青年教师重点培养,2011/01-2012/12,30万,已结题,主持。
18.    国家自然科学基金青年基金,30900835,蛋白质共价修饰相关序列模体的计算发现,2010/01-2012/12,20万,已结题,主持。
19.    科技部重大研究计划,2006CB933300,纳米药物载体增强药物导向性及效应的研究,2006/07-2010/08,30/1500万,已结题,学术骨干。

 

论文专著

Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein domain structures. Cell Research. 2009;19(2):271-273(生物1区,IF: 46.297, cited by 266)

Xie YB, Li HQ, Luo XT, Li HY, Gao QY, Zhang LWY, Teng YY, Zhao Q, Zuo ZXRen J*. IBS 2.0: an upgraded illustrator for the visualization of biological sequences. Nucleic Acids Research. 2022;50(W1):W420–426 (生物1区,IF: 19.16)

Zhao Q, Xie YB, Zheng YY, Jiang S, Liu WZ, Mu WPLiu ZX, Zhao Y, Xue Y* and Ren J*. GPS-SUMO: a tool for the prediction of sumoylation sites and SUMO-interaction motifs. Nucleic Acids Research. 2014;42(W1): W325-330. (生物1区,IF: 19.16, cited by 244ESI HCP)

Liu WZ, Xie YBMa JY, Luo XT, Nie P, Zuo ZX, Lahrmann U, Zhao Q, Zheng YY, Zhao Y, Xue Y* and Ren J*. IBS: an illustrator for the presentation and visualization of biological sequences. Bioinformatics. 2015; 31(20):3359-3361(数学与计算生物学1区,IF: 4.531, cited by 266ESI Hot Paper)

Zheng YY, Nie P, Peng D, He ZH, Liu MN, Xie YB, Miao YY, Zuo ZX* and Ren J*. m6AVar: a database of functional variants involved in m6A modificationNucleic Acids Research. 201846(D1): D139-145 (生物1区,IF: 19.16, cited by 46)

Zuo ZX, Hu HJ, Xu QX, Luo XT, Peng D, Zhu KY, Zhao Q*, Xie YB*, Ren J*. BBCancer: an expression atlas of blood-based biomarkers in the early diagnosis of cancers. Nucleic Acids Research. 2020;48(D1):D789-796(生物1区,IF: 19.16)

Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated software for palmitoylation sites prediction. Protein Eng Des Sel. 2008;21(11):639-644. (cited by 322ESI HCP)

Xue Y#Ren J#, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy. Molecular & Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF: 4.828, cited by 453)

Jin SH, Zhang XY, Miao YY, Liang PP, Zhu KY, She YC, Wu YX, Liu DA, Huang JJ, Ren J* and Cui J*. m6A RNA modification controls autophagy through upregulating ULK1 protein abundance. Cell Research2018;28:955-957 (生物1区,IF: 46.297, cited by 11)

Zheng YY, Xu QX, Liu MN, Hu HJ, Xie YB, Zuo ZX*, Ren J*. lnCAR: a comprehensive resource for lncRNAs from Cancer Arrays. Cancer Research. 2019.79(8):2076-2083 (医学1区,IF: 8.378, cited by 3)

Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y. Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0. Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF: 3.106, cited by 164)

Luo XT, Huang YT, Li HQ, Luo YH, Zuo ZX*, Ren J*, Xie YB*. SPENCER: a comprehensive database for small peptides encoded by noncoding RNAs in cancer patients. Nucleic Acids Research. 2022;50(D1):D1373-1381.

Liu MN, Li HQ, Luo XT, Cai JY, Chen TJ, Xie YB*, Ren J*, Zuo ZX*. RPS: a comprehensive database of RNAs involved in liquid–liquid phase separation. Nucleic Acids Research. 2022;50(D1):D347-355.

Chen L, Chen TJ, Zhang Y, Lin HC, Wang RH, Wang YH, Li HY, Zuo ZX*, Ren J*, Xie YB*. TIRSF: a web server for screening gene signatures to predict Tumor immunotherapy response Nucleic Acids Research. 2022. DOI: 10.1093/nar/gkac374

Bao XQ, Zhang Y, Li HQ, Teng YY, Ma LX, Chen ZH, Luo XT, Zheng J, Zhao A*, Ren J*, Zuo ZX*RM2Target: a comprehensive database for targets of writers, erasers and readers of RNA modificationsNucleic Acids Research. 2022DOI:10.1093/nar/gkac945

Xue Y*, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. GPS-SNO: Computational Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm. Plos One. 2010;5(6): e11290. (cited by 135)

Xue Y*, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang QQ, Jin CJ, Zhou YH, Wen LPRen J*. GPS 2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an algorithm of motif length selection. Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260. (cited by 140)

Zhang Y, Xie YB, Liu WZ, Deng WK, Peng Di, Wang CW, Xu HD, Ruan C, Deng YJ, Guo YP, Lu CJ, Yi C, Ren J* & Xue Y*. DeepPhagy: a deep learning framework for quantitatively measuring autophagy activity in Saccharomyces cerevisiae. Autophagy. 2020;16(4):626-640IF: 11.059, cited by 2

Luo XT, Li HQ, Liang JQ, Zhao Q, Xie YB*, Ren J* and Zuo ZX*. RMVar: an updated database of functional variants involved in RNA modifications. Nucleic Acids Research. 2021;49(D1):D1405-1412. (IF: 19.16ESI HCP)

Ren J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That Influence Protein Phosphorylation. Molecular & Cellular Proteomics. 2010;9(4):623-634. (IF: 4.828, cited by 61)

Ren J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore. Nucleic Acids Research. 2010;38(D1):D155-D160. (IF: 19.16, cited by 16)

Jiang S, Xie YB, He ZH, Zhang Y, Zhao YL, Chen L, Zheng YY, Miao YY, Zuo ZX* and Ren J*. m6ASNP: a tool for annotating genetic variants by m6A function. GigaScience. 2018;7(5). (生物2区,IF: 4.688, cited by 7)

Xie YB, Luo XT, Li YP, Chen L, Ma WB, Huang JJ, Cui J, Zhao Y, Xue Y, Zuo ZX* and Ren J*. DeepNitro: Prediction of Protein Nitration and Nitrosylation Sites by Deep Learning. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 2018;16(4): 294-306 (生物1区,IF: 6.597, cited by 16)

Xie YB, Luo XT, Li HQ, Xu QX, He ZH, Zhao Q*, Zuo ZX*, Ren J*. autoRPA: A web server for constructing cancer staging models by recursive partitioning analysisComputational and Structural Biotechnology Journal. 2020;18:3361-3367

Li HY, Chen L, Huang ZL, Luo XT, Li HQRen J*, Xie YB*. DeepOMe: A Web Server for the Prediction of 2′-O-Me Sites Based on the Hybrid CNN and BLSTM Architecture. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2021;9:696894

Peng D, Li HQ, Hu BS, Zhang HW, Chen L, Lin SF, Zuo ZX, Yu Xue, Ren J*,Xie YB*. PTMsnp: A Web Server for the Identification of Driver Mutations That Affect Protein Post-translational Modification. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2020;8:593661

Xie YB, Zheng YY, Li HY, Luo XT, He ZH, Cao S, Shi Y, Zhao Q, Xue Y, Zuo ZX, Ren J*. GPS-Lipid: a robust tool for the prediction of multiple lipid modification sites. Scientific Reports2016;6:28249. (IF: 4.122, cited by 50)

Liu ZX, Cao J, Gao XJ, Zhou YH, Wen LP, Yang X, Yao XBRen J*, Xue Y*. CPLA 1.0: an integrated database of protein lysine acetylation. Nucleic Acids Research. 2011; 39(D1):D1029-1034. (IF: 19.16, cited by 36)

Xie SQ, Nie P, Wang Y, Wang H, Li H, Yang Z, Liu Y*Ren J*, Xie Z*. RPFdb: a database for genome wide information of translated mRNA generated from ribosome profiling. Nucleic Acids Research. 2016;44(D1):D254-D258. (IF: 19.16, cited by 27)

Zhao Q, Sun Y, Liu ZK, Zhang HW, Li XY, Zhu KY, Liu ZX*Ren J, Zuo ZX*. CrossICC: iterative consensus clustering of cross-platform gene expression data without adjusting batch effect. Briefings in Bioinformatics. 2019. 21(5):1-7(数学与计算生物学1区,IF: 9.101

Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang Z, Tan YX, Wang HY, Ren J*, Xue Y* & Zou HF*. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from phosphoproteomic data. Molecular & Cellular Proteomics. 2012;11(10):1070-1083. (IF: 4.828, cited by 87)

Liu ZX#Ren J#, Cao J#, He J, Yang Q, Ma Q, Gao XJ, Yao XBJin CJ, Xue Y. Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes. Briefings in Bioinformatics2013;14 (3):344-360 (数学与计算生物学1区,IF: 9.101, cited by 14)

Chen L, Miao YY, Liu MN, Gao ZJ, Peng D, Zheng YY, Zuo ZX, Xie YB*Ren J*. Pan-cancer analysis reveals the functional importance of protein lysine modification in cancer development. Frontiers in Genetics. 2018;9:254 (生物2区,IF: 3.517, cited by 4)

Xue Y*, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. A Summary of Computational Resources for Protein Phosphorylation. Current Protein & Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF: 2.696, cited by 43)

Zheng YY, Guo JJ, Li X, Xie YB, Hou MM, Fu XY, Dai SK, Diao RC, Miao YY* and Ren J*An integrated overview of spatiotemporal organization and regulation in mitosis in terms of the proteins in the functional supercomplexes. Frontiers in Microbiology2014;5:573 (IF: 4.019, cited by 7)

Xie YB, Luo XT, He ZH, Zheng YY, Zuo ZX, Zhao Q*, Miao YY* and Ren J*. VirusMap: A visualization database for the influenza A virus. Journal of Genetics and Genomics. 2017;44(4):281-284. (IF: 4.066)

Liu ZX, Gao X, Ma Q, Cao J, Ren J*, Xue Y*. GPS-CCD: A novel computational program for prediction of calpain cleavage sites. Plos One.2011;6(4):e19001. (IF: 2.766, cited by 69)

Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao XJRen J*, Xue Y*. GPS-YNO2: computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins. Mol Biosyst. 2011;7(4):1197-1204. (IF: 2.759, cited by 57)

Liu ZX, Ma Q, Cao J, Gao XJRen J*, Xue Y*. GPS-PUP: computational prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins. Mol Biosyst. 2011;7(10):2737-2740(IF: 2.759, cited by 32)

Ren J, Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives. Current Protein & Peptide Science. 2011;7(12):591-601.(IF: 2.696, cited by 11)

Peng H, Liu ZH, Yan X, Ren J* and Xu J*. A de novo substructure generation algorithm for identifying the privileged chemical fragments of liver X receptorβ agonists. Scientific Reports2017;7:11121.

Zhang QB, Chen L, Cui SM, Li Y, Zhao Q, Cao W, Lai SX, Yin SJ, Zuo ZX*, Ren J*Expression and regulation of long noncoding RNAs during the osteogenic differentiation of periodontal ligament stem cells in the inflammatory microenvironment. Scientific Reports2017;7:13991.