徐安龙1996年回国以来,主要针对天然免疫和适应性免疫如何产生与演化等免疫学前沿科学问题开展研究, 独辟蹊径,系统地开展了以文昌鱼免疫系统为核心的比较免疫学研究,由此,他系统地揭示了脊椎动物免疫系统起源与演化的基本规律,特别是在无脊椎动物中发现了具有V(D)J重排活性的RAG转座子,此发现有可能将适应性免疫起源推前到无脊椎动物, 而不是教科书上认为的脊椎动物,并奠定了文昌鱼成为免疫演化研究的模式生物。迄今以通讯作者发表论文166篇，其中发表于《细胞》,《新英格兰医学》,《自然-通讯》,《科学-信号》,《基因组研究》, 《美国遗传学报》,《美国科学院院报》,《细胞研究》共14篇，论文被《细胞》,《自然》,《自然-免疫》,《免疫》, 《分子细胞》,《自然综述-免疫》,《自然综述-遗传》等他引2556次，引刊影响因子大于10的他引74次,单篇最高他引分别是137次(研究论文)和235次(综述),出版专著《文昌鱼免疫》。